Gemeinsam mit Organist und Sänger Mark Stein, den er bei der Band Rick Martin & The Showmen kennengelernt hatte, dem Gitarristen Vince Martell und Schlagzeuger Joe Brennan gründete er 1966 The Electric Pigeons. Ein Jahr später, Drummer Brennan war inzwischen durch Carmine Appice ersetzt worden, erhielt die mittlerweile nur noch The Pigeons genannte Gruppe einen Plattenvertrag bei Atlantic Records — da die Firma auf einen Namenswechsel bestand, nannte sie sich fortan Vanilla Fudge.

Mit den orgelgetränkten Psychedelic-Symphonic-Rockern entstanden bis zur zwischenzeitlichen Auflösung 1969 fünf Studio-Alben, auf denen Bogerts einzigartiger Bass-Sound erstmals zur Geltung kam: Um sich mit den damals noch recht leisen Bassverstärkern gegen seine Kollegen durchzusetzen, experimentierte er als einer der ersten Bassisten mit dem Distortion-Effekt. Sein innovatives Spiel machte ihn zum Vorbild von Musikern wie Billy Sheehan (Mr. Big, The Winery Dogs).

Auch bei seiner nächsten Station Cactus schuf sein einzigartiger Sound ein wichtiges Element. Gemeinsam mit seinem lebenslangen Freund Carmine Appice gründete er 1970 das bluesdurchzogene Hardrock-Quartett, das aber zwei Jahre und vier Alben später wieder zerfiel — worauf sich der ehemalige Yardbirds-Gitarrist Jeff Beck der eingespielten Rhythmus-Sektion Bogert und Appice anschloss. Als Beck, Bogart & Appice entstanden 1973 das selbstbetitelte Studio-Album und im selben Jahr die Live-Platte Beck, Bogart & Appice Live (In Japan).